Ich hab die CD mit dem normalen Windows-Media-Player gerippt.
Und da ist schon dein Problem. Der Windows-Media-Player erkennt die leeren Frames nicht und fügt erst die Lücken ein. Empfehlen kann ich dir Exakt Audio Copy als CD-Ripper. Der erkennt genau die leeren Frames und Lücken eines Titels, gibt die Titel am Ende als FLAC aus und rippt dir die CD so, dass die Titel lückenlos abgespielt und trotzdem einzeln angewählt werden können.
Edit: Evtl. ist noch FLAC nötig, bin mir aber gerade nicht sicher, da ich FLAC damals schon vorher installiert hatte. Aktuell habe ich aber seit gut 2 Jahren keine CD mehr gerippt, da ich noch nicht mal mehr ein Laufwerk am Rechner besitze und nutze.